Mmmmm, no me a pasado, pero prueba a instalar todos los componentes en una carpeta distinta a la por defecto, pudiera ser que si tienes un vServer con el puerto 690 y luego cambias a otro en el 6900 pudiera haber algún conflicto.
De tal manera que te quede un vServer en la carpeta por defecto y el del 6900 en otra.
Con distintas versiones de vServer no devería haber problema, pero si es la misma no sé, ya que los servicios al arrancar se llamarían igual, solo que uno por un puerto y otro en otro puerto, probando y verificando.