Hola Wikan.
“Cuando un cliente nos pide una factura a su nombre pero sabemos que es una persona de paso y normalmente lo facturamos al cliente de contado. “
Cuando un cliente nos pide una factura:
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/Segmentos/Empresas_y_profesionales/Empresas/IVA/Obligaciones_de_facturacion/Obligacion_de_facturar.shtml
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/Segmentos/Empresas_y_profesionales/Empresas/IVA/Obligaciones_contables_y_registrales_en_el_IVA/Libro_registro_de_facturas_expedidas_.shtml
Sus datos tienen que quedar disponibles para elaborar el registro de facturas expedidas durante el tiempo que la legislación fiscal y mercantil estipulen. O para emitirle una copia de factura si la pide a los dos años… o a los cuatro.
Independientemente de ello, efectivamente, se puede decidir que contablemente el importe facturado y su correspondiente cobro, aparezcan en una cuenta de clientes varios, sean contado o no y sean contado efectivo o no.
La cuestión es que estamos tratando una venta esporádica de alguien persona física que lo normal sea que no vaya a comprar mas.
“¿Como debemos tratar sus datos?
¿Es válido?, rellenar sus datos por ejemplo en variables, imprimir el informe y así su información personal no queda registrada en nuestra aplicación por lo que no incumplimos la LOPD. “
Tiene que haber un alta en el registro de IVA de facturas expedidas. Ese registro debe poder elaborarlo el usuario cuando precise y la administración tributaria es lo primero que va a pedir en una comprobación de IVA o en una inspección… Ademas, es un registro obligatorio, por lo que no hay nada que discutir.
Y por el bien del cliente, y por el buen nombre del programa, mas vale que en esos registros aparezcan todos los datos obligatorios.
Si como has planteado, contablemente y a nivel de gestión comercial no se crea cuenta especifica para el, sus datos no van a estar almacenados (no va a existir propiamente una ficha de cliente).
Si no hay ficha de cliente, no va a salir en ninguna acción comercial .
“Otro ejemplo sería, un cliente quiere una factura a su nombre pero haciendo ejercicio de sus derechos no quiere que sus datos queden almacenados, habría que hacer lo anterior. Rellenar, imprimir y que desaparezcan. “
Me reitero. Si tu frase final fuese un proceso, faltaría una linea en el lugar que consideres mas adecuado y sobraria “que desaparezcan”:
Rellenar, imprimir, cumplimentar registro de IVA de facturas expedidas (persistente en disco) y llevar contablemente a clientes varios, sin crear ficha de cliente en gestión.
Como consigues eso programando, tu eres un crack y seguro lo sabes hacer perfectamente. Infinitamente mejor que yo ! 
“Pero, la duda que me surge, de esta manera no podríamos imprimir esa misma factura a posteriori ya que no hemos guardado la información, ¿estaríamos incumpliendo algo? “
Espero haberte ayudado a ver clara la respuesta.
Saludos.